Największa świątynia w Polsce, znajdująca się na terenie Sanktuarium Maryjnego w Licheniu, powstała w latach 1994-2004.
Inicjatorem budowy był ks. mgr Eugeniusz Makulski. Świątynię zaprojektowała mgr inż. arch. Barbara Bielecka z Gdyni wraz z zespołem, zbudowały ją firmy polskie z Budimexem na czele (generalny wykonawca robót budowlanych).
Świątynia w Licheniu, porównywalna z największymi budowlami sakralnymi świata, istnieje dzięki ofiarności pielgrzymów. Nie było bogatych sponsorów, wsparcia Watykanu ani dotacji rządowych. Cudzoziemcy odwiedzający Licheń są zdziwieni, że możliwe było wzniesienie tak pięknego obiektu wyłącznie z ofiar zwykłych ludzi.
Fenomen Lichenia mieści się w tym, co najtrafniej ujął śp. biskup Roman Andrzejewski: "Warto pielgrzymować do Lichenia, aby przekonać się, że można zbudować ze składek wiernych w latach kryzysu piękny Dom Pański, że stać nas na sukces, że nie jesteśmy narodem nieudaczników, ale narodem zdolnym do osiągnięć".
W marcu 2000 roku Episkopat Polski zadecydował, że świątynia ta, jako jedna z trzech (obok kościoła Miłosierdzia Bożego w Krakowie Łagiewnikach i Opatrzności Bożej - w Wilanowie) jest Wotum Kościoła Katolickiego na Wielki Jubileusz Narodzenia Chrystusa.
Budowa świątyni dała zatrudnienie i świetną praktykę zawodową tysiącom Polaków w różnych branżach i wielu firmom. Umożliwiła rozwój myśli technicznej i naukowej a także rozwój sztuki sakralnej w Polsce.
W książce "Opowieści Księdza Kustosza" czytamy o tym co zainspirowało ks. Makulskiego do budowy nowej, tak wielkiej świątyni: ...jadąc do Lichenia na stałe, miałem wewnętrzną wizję pięknego Sanktuarium Matki Bożej Licheńskiej, miasteczko, piękny kościół, liczne wieże.
Coraz liczniej przybywający do Lichenia pielgrzymi, zbyt mały kościół św. Doroty, ogromna wiara, odwaga, miłość do Matki Bożej, wytrwałość w dążeniach sprawiły, że wielkie pragnienie zostało urzeczywistnione.
Po wykupieniu ziemi pod budowę kościoła ksiądz Eugeniusz Makulski rozpisał konkurs wśród architektów, ale jak sam określił nadesłane projekty były "pseudonowoczesne". Pragnął aby świątynia trzeciego tysiąclecia była hołdem wobec przeszłości, a jednocześnie przesłaniem dla przyszłych pokoleń. Miała scalać dotychczasowe tradycje z przełomu 2000 lat i nowoczesne rozwiązania XXI wieku.
15 kwietnia 1994 roku kompleksowy projekt świątyni po uzyskaniu koniecznych uzgodnień z organami administracji państwowej oraz Kurii Biskupiej został zatwierdzony decyzją Urzędu Rejonowego w Koninie.
Dnia 1 maja ks. Jan Rokosz-prowincjał Zakonu Marianów potwierdził zgodę na prowadzenie przez księdza Eugeniusza Makulskiego budowy świątyni. Następnego dnia została podpisana umowa z generalnym wykonawcą Budimexem S.A. w Warszawie.
Ksiądz Eugeniusz Makulski w artykule "Początki nowej świątyni" napisał m.in.: 22 czerwca na pustym polu odprawiłem Mszę świętą, poświęciłem narzędzia pracy i tak zwaną "pierwszą łopatą" rozpocząłem kopanie ziemi pod fundamenty.
Był słoneczny, piękny letni dzień. Przybyło wielu pielgrzymów. Z kościoła św. Doroty przed godziną 12 wyszła procesja na miejsce budowy. Ustawiono tam mały ołtarzyk do odprawienia Mszy świętej. Gdy procesja dotarła na miejsce i miała się rozpocząć Msza św. nagle zerwał się silny, huraganowy wiatr. Czarne chmury pokryły niebo. Tumany kurzu wirowały nad placem. Wicher złamał cztery drążki przy chorągwiach procesyjnych, powywracał feretrony, szarpał ołtarzykiem, zawijał dywan, wywracał wazony z kwiatami, gasił świece. Przerażeni ludzie kulili się patrząc co się dzieje ?
Wydawało się, że jakieś złe siły postanowiły zdmuchnąć nas z tego placu i nie dopuścić do rozpoczęcia budowy Bożego Domu. Zakończyła się Msza św., gdzieś znikły chmury, uciekł wiatr. Procesja wracała do kościoła niosąc w rękach połamane drzewce chorągwi i porwane szarfy, zakurzone feretrony. Firma Budimex, która wygrała przetarg, przystąpiła do pracy.
25 maja 1995 roku Prymas Polski Józef Glemp wmurował kamień węgielny przywieziony z Rzymu z grobu św. Piotra. Kamień ten w grudniu 1994 r. został poświęcony przez Ojca Świętego Jana Pawła II.
12. czerwca 2004 roku, w obecności dziesiątków tysięcy pielgrzymów, nowy kościół został poświęcony. W uroczystościach uczestniczyli biskupi, którzy wzięli udział w obradach 328. Zebrania Plenarnego Konferencji Episkopatu Polski w Licheniu, biskupi z Białorusi i Ukrainy, parlamentarzyści, przedstawiciele władz rządowych i samorządowych oraz pielgrzymi z całej Polski. Kościół poświęcił nuncjusz apostolski w Polsce ks. abp Józef Kowalczyk. Zanim tego dokonał, odczytano przysłany na tę okazję telegram od Ojca Świętego Jana Pawła II.
2. lipca 2005 roku, w odpust Najświętszej Maryi Panny Licheńskiej uroczyście nadano nowemu kościołowi w Licheniu tytuł bazyliki mniejszej. Specjalny dekret w tej sprawie został wydany przez Stolicę Apostolską 25 lutego 2005 roku. Pierwszej uroczystej sumie odpustowej, podczas której kościołowi nadano tytuł bazyliki, przewodniczył metropolita warmiński - abp Edmund Piszcz. Homilię wygłosił biskup łowicki Andrzej Dziuba.
2 lipca 2006 r. przeniesiono Cudowny Obraz Matki Bożej Licheńskiej z kościoła parafialnego św. Doroty do bazyliki mniejszej w Licheniu. Było to wydarzenie historyczne. Wizerunek Maryi opuścił bowiem na stałe kościół parafialny po 149 latach.